我国构建了人群肠道微生物菌株资源库 探测到“暗物种”

来源:中国科学报

日,中国科学院微生物所研究员刘双江团队构建了包含400个不同物种的健康人群肠道微生物菌株资源库(hGMB)。相关成果发表于《微生物组》。

此次构建的hGMB包括400个不同的物种,其中有102个物种为首次分离、培养和鉴定,1170株代表菌株保存在中国普通微生物菌种保藏中心,已经向科研界和产业界提供了数次菌株服务,支持肠道微生物功能开发和微生物—宿主互作研究。为了充分发挥和挖掘菌株资源的价值,该资源库物种信息已在相关网站公布。

据介绍,hGMB的构建历时两年,研究团队从239例来自不同地区、不同年龄体检健康人群的新鲜粪便样品中挑取超过2万个单克隆,扩大培养后从中鉴定出超过1万个纯培养分离株。通过对健康人肠道宏基因组分析,发现该菌株资源库中的85个新物种出现在超过90%健康人肠道中,同时覆盖79%人肠道已知常见属和75%常见物种。

与目前最大的人肠道基因组数据库(UHGG)对比,hGMB贡献了24个在肠道免培养组学研究中未被探测到却普遍存在的“暗物种”。

作者表示,鉴于肠道微生物菌株资源库的建设是开发利用肠道微生物的基础,是认知宿主—微生物互作机制中至关重要的一环,构建中华肠道微生物资源库具有长远的战略意义和经济社会价值。

去年,该团队还发表了迄今为止最大的模式动物小鼠肠道微生物资源库(mGMB),包含126种微生物及其基因组,其中77种微生物是首次成功分离培养的新物种,使得可培养的小鼠肠道微生物菌株资源从48个属增加到110个属、从76种增加到180种,且在此过程中形成了一套厌氧微生物分离培养与物种鉴定描述的标准化流程。

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